DOCK 3.5 parameter
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######### DOCK 3.5 INPUT PARAMETER FILE #############
#####################################################
##################INDOCK.thorough###################
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#                             INPUT
#
mode                          search
receptor_sphere_file          ../sph/match2.sph
cluster_numbers               1
ligand_type                   coordinates
# NOTE: split_database_index is reserved to specify a list of files
ligand_atom_file               split_database_index
#
################################################################################
#                             OUTPUT
#
output_file_prefix            test.
output_hydrogens              yes
recombine_fragments           yes
#
################################################################################
#                             MATCHING
#
distance_tolerance            1.5
nodes_maximum                 4
nodes_minimum                 4
ligand_binsize                0.4
ligand_overlap                0.3
receptor_binsize              0.4
receptor_overlap              0.3
bump_maximum                  1
focus_cycles                  0
focus_bump                    0
focus_type                    energy
critical_clusters             no
#
################################################################################
#                             COLORING
#                             ligand color, receptor color
#
chemical_matching             yes
case_sensitive                no
match                         positive negative
match                         positive negative_or_acceptor
match                         positive not_neutral
match                         negative positive
match                         negative positive_or_donor
match                         negative not_neutral
match                         donor acceptor
match                         donor donacc
match                         donor negative_or_acceptor
match                         donor neutral_or_acceptor_or_donor
match                         donor not_neutral
match                         acceptor donor
match                         acceptor donacc
match                         acceptor positive_or_donor
match                         acceptor neutral_or_acceptor_or_donor
match                         acceptor not_neutral
match                         neutral neutral
match                         neutral neutral_or_acceptor_or_donor
match                         ester_o donor
match                         ester_o donacc
match                         ester_o positive_or_donor
match                         ester_o not_neutral
match                         amide_o donor
match                         amide_o donacc
match                         amide_o positive_or_donor
match                         amide_o not_neutral
################################################################################
#                             SINGLE MODE
#
#rmsd_override                 0.5
#contact_minimum               200.0
#energy_maximum               -100.0
#truncate_output              1000.0
#
################################################################################
#                             SEARCH MODE
#
ratio_minimum                 0.0
atom_minimum                  6
atom_maximum                  60
restart                       no
number_save                   100
normalize_save                0
molecules_maximum             300000 
restart_interval              1000
initial_skip                  0
timeout                       60
#
################################################################################
#                             SCORING
#
scoring_option                5
ligand_desolvation            volume
solvmap_file                  ../grids/solvmap
distmap_file                  ../grids/distmap
delphi_file                   ../grids/rec+sph.phi
chemgrid_file_prefix          ../grids/chem
interpolate                   yes
vdw_parameter_file            ../grids/vdw.parms.amb.mindock
vdw_maximum                   1.0e10
electrostatic_scale           1.0
vdw_scale                     1.0
#
################################################################################
#                             MINIMIZATION
#
minimize                      yes
minimization_max             1.0e15
check_degeneracy              no
#degeneracy_wobble             0
#degenerate_save_interval      25
#check_degenerate_children    no
simplex_iterations            25
simplex_convergence           0.1
simplex_restart               1.0
simplex_initial_translation   0.3
simplex_initial_rotation      0.3
#
#
################################################################################
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